專案累積的不只是原始碼，也包括建置、檢查和修改程式碼的方法。2026 年 9 月 26 日發布的 Genesis 0.13.4，讓技能工具的修改發生在對應工作樹中，並能在 Git 中接受審查。結合 9 月 21 日在 0.13.1 中引入的自訂工具，專案方法獲得了兩種不同的接入方式。
透過自訂工具提供操作
0.13.1 從設定資料夾的 tools 目錄載入使用者定義工具。它們顯示在自訂工具設定面板中，可納入自訂智慧體的工具允許清單，並透過中央分派器呼叫。專案因此能提供明確的操作介面，而不只是依賴通用 shell。 v0.13.1
例如，團隊可以為既有專案檢查器封裝清楚的輸入輸出約定。
0.13.4 也允許工具結果同時包含文字與圖片或音訊。專案操作因此可以回傳供代理檢視的產物，與文字報告一起提供資訊。 v0.13.4
讓技能修改進入程式碼審查的位置
0.13.4 讓技能工具在智慧體工作樹中讀寫，並支援透過可選提交旗標把修改提交到版本庫。智慧體編寫的指引因此能出現在自己的分支上，供人檢查。該版本也修復技能探索與移除行為。 v0.13.4
工具定義代理可以呼叫什麼，技能說明何時呼叫、如何使用結果。專案檢查器與解讀指南可以搭配使用：一邊是可執行操作，一邊是可審查的指引。
從一項專案操作開始
先選擇一項可重複的專案檢查，為自訂工具明確定義輸入、輸出與權限，再以技能說明執行時機。重用前，審查代理分支上的技能差異，並實際執行工具。開發歷史視圖可用來追蹤後續修訂。