EVO X

Transformacion de MATLAB a PyTorch y EvoX

Transformacion de MATLAB a PyTorch y EvoX

Este documento tiene como objetivo guiar a los usuarios de MATLAB en la transicion a PyTorch y EvoX para computacion evolutiva. Destacaremos las diferencias principales entre MATLAB y PyTorch en terminos de sintaxis, estructuras de datos y flujo de trabajo. Luego ilustraremos estas diferencias usando un ejemplo de Optimizacion por Enjambre de Particulas (PSO) tanto en MATLAB como en PyTorch.

Diferencias de Sintaxis

Creacion e Indexacion de Arrays

MATLAB

  • Usa indexacion basada en 1.
  • Los vectores y matrices se declaran usando corchetes y punto y coma (por ejemplo, [1 2 3; 4 5 6]). La inicializacion aleatoria con rand() devuelve valores en el intervalo $[0, 1)$.
  • El rebanado se realiza usando la sintaxis (start:end) y utiliza indexacion basada en 1.

PyTorch

  • Usa indexacion basada en 0.
  • Los arrays (tensores) se crean tipicamente usando constructores como torch.rand(), torch.zeros(), o listas de Python convertidas a tensores con torch.tensor().
  • El rebanado se hace usando [start:end] con indices basados en 0.

Computacion Matricial

MATLAB

  • Realiza multiplicacion matricial de algebra lineal con *.
  • Usa .* para multiplicar elementos correspondientes de matrices del mismo tamano.
  • / representa la division matricial derecha.
  • .^ representa la potencia elemento a elemento.
  • Las dimensiones iniciales y finales de tensores con longitud 1 se ignoran.
  • Encuentra automaticamente dimensiones difundibles para operaciones elemento a elemento y realiza extension de dimension implicita.

PyTorch

  • Realiza multiplicacion matricial de algebra lineal con @ o torch.matmul().
  • Usa directamente * para multiplicar elementos correspondientes de tensores de la misma forma o formas difundibles.
  • / representa la division elemento a elemento.
  • ** representa la potencia elemento a elemento.
  • Las dimensiones de tensores con longitud 1 se preservan y se tratan como dimensiones de difusion.
  • Previene la mayoria de las extensiones de dimension implicitas, generalmente se requieren dimensiones de difusion.

Funciones y Definiciones

MATLAB

  • Una funcion se define con la palabra clave function.
  • Un archivo puede contener multiples funciones, pero tipicamente la funcion principal comparte el nombre del archivo.
  • Las funciones anonimas (por ejemplo, @(x) sum(x.^2)) se usan para calculos cortos en linea.

PyTorch

  • Las funciones se definen usando la palabra clave def, tipicamente dentro de un solo archivo .py o modulo.
  • Las clases se usan para encapsular datos y metodos de manera orientada a objetos.
  • Las lambdas sirven como funciones anonimas cortas (lambda x: x.sum()), pero las lambdas multilinea no estan permitidas.

Flujo de Control

MATLAB

  • Usa bucles for i = 1:N … end con indexacion basada en 1.
  • Sentencias condicionales como if, elseif y else.

PyTorch

  • Usa for i in range(N): con indexacion basada en 0.
  • La indentacion es significativa para el alcance en bucles y condicionales (sin palabra clave end).

Impresion y Comentarios

MATLAB

  • Usa funciones fprintf() para salida formateada.
  • Usa % para comentarios de una linea.

PyTorch

  • Usa print con f-strings para salida formateada.
  • Usa # para comentarios de una linea.

Codificacion Multilinea

MATLAB

  • Usa ... al final de una linea para indicar que la siguiente linea debe tratarse como la misma linea.

Python

  • Usa \ al final de una linea para indicar que la siguiente linea debe tratarse como la misma linea.
  • Si multiples lineas estan dentro de parentesis, no se requiere ningun simbolo especial al final.

Como Escribir un Algoritmo de Computacion Evolutiva con EvoX?

MATLAB

Un ejemplo de codigo MATLAB para el algoritmo PSO es el siguiente:

function [] = example_pso()
    pso = init_pso(100, [-10, -10], [10, 10], 0.6, 2.5, 0.8);
    test_fn = @(x) (sum(x .* x, 2));
    for i = 1:20
        pso = step_pso(pso, test_fn);
        fprintf("Iteration = %d, global best = %f\n", i, pso.global_best_fitness);
    end
end


function [self] = init_pso(pop_size, lb, ub, w, phi_p, phi_g)
    self = struct();
    self.pop_size = pop_size;
    self.dim = length(lb);
    self.w = w;
    self.phi_p = phi_p;
    self.phi_g = phi_g;
    % setup
    range = ub - lb;
    population = rand(self.pop_size, self.dim);
    population = range .* population + lb;
    velocity = rand(self.pop_size, self.dim);
    velocity = 2 .* range .* velocity - range;
    self.lb = lb;
    self.ub = ub;
    % mutable
    self.population = population;
    self.velocity = velocity;
    self.local_best_location = population;
    self.local_best_fitness = Inf(self.pop_size, 1);
    self.global_best_location = population(1, :);
    self.global_best_fitness = Inf;
end


function [self] = step_pso(self, evaluate)
    % Evaluate
    fitness = evaluate(self.population);
    % Update the local best
    compare = find(self.local_best_fitness > fitness);
    self.local_best_location(compare, :) = self.population(compare, :);
    self.local_best_fitness(compare) = fitness(compare);
    % Update the global best
    values = [self.global_best_location; self.population];
    keys = [self.global_best_fitness; fitness];
    [min_val, min_index] = min(keys);
    self.global_best_location = values(min_index, :);
    self.global_best_fitness = min_val;
    % Update velocity and position
    rg = rand(self.pop_size, self.dim);
    rp = rand(self.pop_size, self.dim);
    velocity = self.w .* self.velocity ...
        + self.phi_p .* rp .* (self.local_best_location - self.population) ...
        + self.phi_g .* rg .* (self.global_best_location - self.population);
    population = self.population + velocity;
    self.population = min(max(population, self.lb), self.ub);
    self.velocity = min(max(velocity, self.lb), self.ub);
end

En MATLAB, la funcion init_pso() inicializa el algoritmo, y una funcion separada step_pso() realiza un paso de iteracion y la funcion principal example_pso() orquesta el bucle.

EvoX

En EvoX, puede construir el algoritmo PSO de la siguiente manera:

Primero, se recomienda importar los modulos y funciones necesarios de EvoX y PyTorch.

import torch

from evox.core import *
from evox.utils import *
from evox.workflows import *
from evox.problems.numerical import Sphere

Luego, puede transformar el codigo MATLAB al codigo Python correspondiente segun la seccion “Diferencias de Sintaxis”.

def main():
    pso = PSO(pop_size=10, lb=torch.tensor([-10.0, -10.0]), ub=torch.tensor([10.0, 10.0]))
    wf = StdWorkflow()
    wf.setup(algorithm=pso, problem=Sphere())
    for i in range(1, 21):
        wf.step()
        print(f"Iteration = {i}, global best = {wf.algorithm.global_best_fitness}")

@jit_class
class PSO(Algorithm):
    def __init__(self, pop_size, lb, ub, w=0.6, phi_p=2.5, phi_g=0.8):
        super().__init__()
        self.pop_size = pop_size
        self.dim = lb.shape[0]
        self.w = w
        self.phi_p = phi_p
        self.phi_g = phi_g
        # setup
        lb = lb.unsqueeze(0)
        ub = ub.unsqueeze(0)
        range = ub - lb
        population = torch.rand(self.pop_size, self.dim)
        population = range * population + lb
        velocity = torch.rand(self.pop_size, self.dim)
        velocity = 2 * range * velocity - range
        self.lb = lb
        self.ub = ub
        # mutable
        self.population = population
        self.velocity = velocity
        self.local_best_location = population
        self.local_best_fitness = torch.full((self.pop_size,), fill_value=torch.inf)
        self.global_best_location = population[0, :]
        self.global_best_fitness = torch.tensor(torch.inf)

    def step(self):
        # Evaluate
        fitness = self.evaluate(self.population)
        # Update the local best
        compare = self.local_best_fitness > fitness
        self.local_best_location = torch.where(compare.unsqueeze(1), self.population, self.local_best_location)
        self.local_best_fitness = torch.where(compare, fitness, self.local_best_fitness)
        # Update the global best
        values = torch.cat([self.global_best_location.unsqueeze(0), self.population], dim=0)
        keys = torch.cat([self.global_best_fitness.unsqueeze(0), fitness], dim=0)
        min_index = torch.argmin(keys)
        self.global_best_location = values[min_index]
        self.global_best_fitness = keys[min_index]
        # Update velocity and position
        rg = torch.rand(self.pop_size, self.dim)
        rp = torch.rand(self.pop_size, self.dim)
        velocity = (
            self.w * self.velocity
            + self.phi_p * rp * (self.local_best_location - self.population)
            + self.phi_g * rg * (self.global_best_location - self.population)
        )
        population = self.population + velocity
        self.population = clamp(population, self.lb, self.ub)
        self.velocity = clamp(velocity, self.lb, self.ub)


# Run the main function
if __name__ == "__main__":
    main()

Nota: Vale la pena notar que usamos [] con ; y , en MATLAB para concatenar matrices y vectores a lo largo de una dimension especifica; sin embargo, en EvoX, se debe invocar torch.cat con el argumento dim para indicar la dimension de concatenacion. Ademas, en PyTorch, los tensores a concatenar deben tener el mismo numero de dimensiones; por lo tanto, se aplica XXX.unsqueeze(0) adicional para agregar una nueva dimension de longitud 1 antes de la primera dimension.

En EvoX, la logica de PSO esta encapsulada dentro de una clase que hereda de Algorithm. Este diseno orientado a objetos simplifica la gestion del estado y la iteracion, e introduce las siguientes ventajas:

  • Metodo evaluate() heredado Puede simplemente llamar a self.evaluate(self.population) para calcular valores de aptitud, en lugar de pasar manualmente su funcion objetivo en cada iteracion.
  • Integracion con Flujo de Trabajo Incorporado Cuando registra su clase PSO con un flujo de trabajo StdWorkflow, este maneja las llamadas iterativas a step() en su nombre.

Al extender Algorithm, __init__() configura todos los componentes principales de PSO (poblacion, velocidad, mejor local/global, etc.) en un constructor de clase Python estandar.

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